Ngày 22 tháng 3 năm 833 (niên hiệu Tenchō 10, ngày thứ 28 của tháng 2 âm lịch), Thiên hoàng Junna thoái vị và người cháu của ông - hoàng tử Masara, lên ngôi Thiên hoàng Nhật Bản[6].

Năm 838 - 839, Thiên hoàng cử nhiều phái đoàn ngoại giao sang Trung Quốc để củng cố quan hệ với nước này[7].

Năm 842, ngay sau khi các cựu Thiên hoàng như Junna, Saga vừa qua đời ít lâu, quyền thần Fujiwara no Yoshifusa liên kết với các hoàng thân triều đình (có sự thông đồng của Thiên hoàng đang trị vì Ninmyō), làm chính biến lật đổ phe cánh của hoàng thái tử Tsunesada do cựu hoàng đế Nhật Bản đề cử, đưa cháu trai mình là Hoàng tử Michiyasu lên làm Thái tử. Sử cũ gọi là "chính biến Yowa" (Yowa là niên hiệu của Ninmyō, sử dụng từ tháng 1/834 đến tháng 7/838)[8]. Nó cũng chấm dứt 30 năm thống trị yên ổn của hoàng triều Nhật Bản do Kanmu tạo dựng, Saga duy trì nó) và mở đầu thời gia tộc Fujiwara lũng đoạn chính trường Nhật Bản về sau. Riêng hoàng thái tử Tsunesada về sau thì bỏ đi tu tại chùa Daikaku-ji. Khi được các phe phái yêu cầu lên ngôi sau khi phế bỏ Thiên hoàng Yōzei năm 884, ông từ chối. Cựu thái tử Nhật Bản viên tịch ngày 12/10/884 tại ngôi chùa.

Cuối đời mình, Thiên hoàng đề cử con trai thứ ba là hoàng tử Tokiyasu làm Thái tử, cuối cùng sẽ lên ngôi năm 884 hiệu là Thiên hoàng Koko[9].

Ngày 6/5/850, Thiên hoàng Ninmyō băng hà hưởng dương 41 tuổi[10]. Sau đó, con trai cả của Thiên hoàng là Hoàng thái tử Michiyasu lên ngôi, hiệu là Thiên hoàng Montoku.

Niên hiệu (nengō)

• Tenchō (824-834)
• Jowa (834-848)
• Kashō (848-851)

Kugyō

• Tả đại thần, Fujiwara no Otsugu (藤原緒嗣), 773-843.
• Tả đại thần, Minamoto no Tokiwa (源常), 812-854.
• Hữu đại thần, Kiyohara không Natsuno (清原夏野), 782-837.
• Hữu đại thần, Fujiwara no Mimori (藤原三守), d. 840.
• Hữu đại thần, Minamoto no Tokiwa (源常)
• Hữu đại thần, Tachibana không Ujikimi (橘氏公), 783-847.
• Hữu đại thần, Fujiwara no Yoshifusa (藤原良房), 804-872.
• Hữu đại thần, Fujiwara no Otsugu, 825-832
• Nội đại thần (không chỉ định)
• Đại nạp ngôn, Fujiwara no Otsugu,? -825.